Неелов И.М.

Доктор физико-математических наук, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики

МОДЕЛИРОВАНИЕ КОМПЛЕКСА ДЕНДРИМЕРА C ПЕПТИДОМ

Аннотация
Биосовместимые разветвленные полимеры могут быть использованы во многих биомедицинских приложениях, включая доставку лекарств и генов. В предыдущих статьях мы применили вычислительный подход для изучения комплексов положительно заряженных лизиновых разветвленных полимеров с некоторыми отрицательно заряженными регуляторными олигопептидами. Целью данной статьи является проверка возможности образования комплекса пептидным дендримером и молекулами терапев-тического олигопептида. Система, состоящая из одного дендримера, 16 молекул олигопептида и контрионов в воде была исследована методом молекулярной динамики. Для этой цели использовались пакет программ молекулярного моделирования Gromacs и силовое поле Amber. В первую очередь был изучен процесс комплексообразования и было показано, что отрицательно заряженные молекулы олигопептида притягиваются дендримером и быстро образуют с ним стабильный комплекс. После выхода на плато всех характеристик комплекса были рассчитаны его равновесные размеры, анизотропия формы и внутренняя структура. Они оказалась сходными, с размерами комплексов, образованных другими разветвленными лизиновыми молекулами, имеющими сходные молекулярные массы и заряды.
PDF