Аникин Н.А.

Кандидат химических наук, научный сотрудник, Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук

Комплекс возможных аппроксимативных методов эффективного учета вклада кулоновских интегралов для кардинального ускорения расчетов DFT гигантских биомолекул: сведение к быстровычисляемым короткоткодействующим двухцентровым сплайнам плюс FMM дальнего кулона

https://doi.org/10.58224/2619-0575-2024-7-3-49-63
Аннотация
Предложен комплекс аппроксимативных методов для кардинального ускорения расчета вклада кулоновских интегралов при расчетах DFT гигантских биомолекул - лимитирующей стадии таких актуальных, но крайне ресурсоемких расчетов, включая расчеты тысяч докинг-комплексов из тысяч ато-мов. Предложенный комплекс включает через быструю и аккуратную аппроксимацию вклада громадного числа 4-центровых кулоновских интегралов через линейную комбинацию 3-центровых интегралов, и далее через комбинацию 2-центровых интегралов. Немультиполные короткодействующие компоненты этих 2-центровых интегралов очень быстро считаются заранее заготовленными сплайнами от межцентровых расстояний. Остающиеся дальнодействующие мультипольные вклады быстро считаются для гигантских молекул в стиле FMM (разбиение громадного пространства на области и подобласти, исходно было раз-работано для динамики галактик). Везде максимально экономятся расчеты за счет предварительно ото-бранных комбинаций интегралов. Все двухцентровые компоненты (в т.ч. аппроксимация двухцентровых перекрываний базисных функций через линейные комбинации одноцентровых вспомогательных функций плотности) быстро считаются за счет сплайнов от межядерных расстояний из специально приготов-ленной БД. Для новых базисов БД легко и быстро пополняется за счет разложения нового базиса по набо-ру универсальных экспонент и БД с ними.
PDF